Oczywiście, że się da. Skrypt tak jak plugin będzie działać na serwerze z zainstalowanym pod to silnikiem (PaperSpigot, Bukkit etc.).
Aby skrypty poprawnie działały, musisz wgrać na serwer:
WildSkript
SkQuery
(najlepiej najnowsze wersje)
Jeżeli Twój skrypt zapisuje jakieś per dane czy cokolwiek innego to tak, da się. Tutaj masz poradnik, jak to zrobić.